Als älteste Bibliothek der Schweiz weltlichen Ursprungs verfügt die UB Basel über einen umfangreichen historischen Bestand. Dieser kann nur im Sonderlesesaal 1 benutzt werden.

Historischer Bestand online
Zahlreiche Basler Drucke des 16. Jahrhunderts, einzelne Handschriften und Reproduktionen historischer Porträts von Basler Persönlichkeiten sind online zugänglich. Das Angebot wird fortlaufend erweitert.

Alte Drucke
Unter den rund 300'000 vor 1900 erschienenen Drucken (darunter 3'000 Inkunabeln) bildet der Basler Buchdruck einen wichtigen Schwerpunkt.

Handschriften
Die Sammlung umfasst Buchhandschriften und Konvolute des Mittelalters und der Neuzeit (gegen 10'000 Signaturen).

Nachlässe und Privatarchive
Die Sammlung umfasst gegenwärtig rund 400 Nachlässe aus dem 16. bis 20. Jahrhundert, hauptsächlich von Angehörigen der Universität Basel, ausserdem Archive verschiedener Vereine und Gesellschaften.

Briefe
Neben den in den Nachlässen enthaltenen Korrespondenzen besitzt die Bibliothek mehrere bedeutende Briefsammlungen aus dem 16. bis 18. Jahrhundert.

Autographen
Neben der eigenen "Allgemeinen Autographensammlung" verwahrt die UB Basel 13 weitere Autographensammlungen von Privatpersonen.

Karten
Die Sammlung umfasst 35'000 topographische Karten aus dem 16. bis 20. Jahrhundert. Sammelschwerpunkte bilden Basel und die Schweiz.

Porträts
Die Sammlung umfasst rund 100'000 Reproduktionen von Porträts aus dem 16. bis 20. Jahrhundert. Sammelschwerpunkte bilden Basel und die Schweiz.

Exlibris
Die Sammlung umfasst 70'000 Exlibris aus dem 19. und 20. Jahrhundert. Sammelschwerpunkte bilden Basel und die Schweiz.

Musikalien
Gegen 10’000 musikalische Handschriften und Frühdrucke (Musiktraktate, liturgische Handschriften, Liederbücher, Sammlungen von Instrumentalmusik des 18. Jh. und Nachlässe von Schweizer Komponisten) bilden den Schwerpunkt.